在化学性污染方面，主要是在农业生产过程中，由于不合理使用化学合成物质而对农产品质量安全产生的危害。如禁用农药的使用，化学肥料、农药、兽药、饲料添加剂等的大量施用，或者未合理使用（包括肥料的不合理搭配，农药、兽药没有安全用药间隔期等），均可能造成有毒有害化学物质在农产品中残留。工业废弃物中的有毒有害化学物质，通过污染农田、水源和大气，也可能最终在农产品中聚集。化学性污染是可以通过标准化生产进行控制的。
在生物性污染方面，主要指自然界中各类生物性污染对农产品质量安全产生的危害。如在流通、贮运、销售过程中的霉烂、变质，运输工具、贮藏设备、销售货栈等带来的致病性细菌、病毒以及某些毒素污染。此外，农业转基因技术可能导致质量安全问题。生物性污染具有较大的不确定性，控制难度大，有些可以通过预防控制，而大多数则需要通过采取综合治理措施。
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