一是接受申请。拟出口国（地区）以书面方式向海关总署提出对华出口水产品正式申请。海关总署遵照世界贸易组织《实施卫生与植物卫生措施协定》规定的总体原则，根据出口国（地区）水生动物疫情状况和食品安全状况，决定是否启动准入程序。如启动，会向拟出口国（地区）提交相关水产品的风险评估问卷。
二是组织评估。海关总署组织专家组对拟出口国（地区）官方提供的答卷及相关技术资料进行风险评估，形成评估报告。评估过程中，根据需要，商拟出口国（地区）同意，可派专家组进行实地考察，也可进行验证性考察，以确认相关信息和操作的真实性、一致性。
三是磋商检验检疫要求。根据评估结果，双方就对华出口水产品的检验检疫卫生要求进行磋商，达成一致后确定检验检疫要求（包括签署检验检疫议定书、备忘录或公告公布的检验检疫要求），确认输华产品兽医卫生证书内容和格式。
四是企业注册。在完成以上评估审查程序后，拟输华企业按照要求在海关总署进行注册，海关总署发布《符合评估审查要求的国家或地区输华水产品名单》，同时拟出口国（地区）需向海关总署提供官方签字兽医官等信息。
五是进口商备案和检疫许可。中国进口商应按照有关规定，取得进口食品收货人备案资格。如进口养殖产品，应申请从已准入国家（地区）的注册企业进口水产品的《中华人民共和国进境动植物检疫许可证》。进口商应进口符合相关检验检疫要求的水产品。产品抵达中国口岸后，由中国海关实施检验检疫。
