自国家认监委成立以来，我国已基本建立了与国际接轨并适应我国国情的从农田到餐桌全过程管理的食品、农产品认证认可体系。食品和农产品认证已成为中国保障食品农产品质量安全，促进中国食品农产品国际贸易的重要手段。目前开展的认证活动已经在建设社会主义新农村过程中发挥了积极作用。
一、有机产品认证
有机农业是指按照有机农业生产标准，遵循自然规律和生态学原理，在生产中不采用基因工程获得的生物及其制品，不使用化学合成的农药、化肥、生长调节剂等物质，采用一系列可持续发展的农业技术，维持持续稳定的农业生产过程。有机产品是指根据有机农业原理和有机产品生产、加工标准生产出来的，经过有机产品认证机构认证的产品。
近年来，我国有机产业发展迅速，目前，经国家认监委批准的有机产品认证机构有29个，按中国有机产品标准认证的企业有近2000家，有机认证面积达230万公顷。我国有机产品种类主要有粮食、油料、蔬菜、水果、茶叶、蜂蜜、禽畜产品和水产品等。我国生产的有机产品出口到欧盟、美国、日本等国家和地区。
二、无公害农产品认证
无公害农产品，是指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范要求，经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的未经加工或者初加工的食用农产品。
无公害农产品在生产过程中允许限量、限品种、限时间地使用人工合成的安全的化学农药、兽药、肥料、饲料添加剂等，符合国家的食品卫生标准。
截至2006年底，全国共有获得无公害农产品认证的单位14806个，产品23636个，产量达1.44亿吨。
无公害农产品认证作为一种基础性的认证制度，国家财政每年都给予大量资金补贴，认证机构实施认证时不收取认证费用。
三、HACCP认证
HACCP是英文Hazard Analysis and Critical Control Point的缩写，意为危害分析与关键控制点。国际标准CAC/RCP-1《食品卫生通则》1997修订3版对HACCP的定义是：鉴别、评价和控制对食品安全至关重要的危害的一种体系。
国家认监委于2002年发布实施《食品生产企业危害分析与关键控制点(HACCP)管理体系认证管理规定》和《出口食品卫生注册需评审HACCP体系的产品目录》，要求6类出口食品生产企业必须建立和实施HACCP体系，开展了HACCP官方验证和第三方认证工作。
截至2006年底，我国已有2287家食品出口企业通过出入境检验检疫机构的HACCP管理机构验证，2782家企业获得第三方HACCP认证。
四、良好农业规范（GAP）认证
良好农业规范是强化农业生产经营管理行为，实现对种植、养殖全过程控制，从源头上控制农产品质量安全的重要方式之一，已在越来越多的国家和地区推广应用，在国际贸易中的作用也日益显著。
截至2006年底，我国累计发放良好农业规范认证证书45张。
五、饲料产品认证
饲料产品认证，是指企业自愿申请，认证机构对饲料和饲料添加剂产品及其生产过程按照有关标准或者技术规范要求进行的合格评定活动。饲料产品认证的对象，包括单一饲料、添加剂预混合饲料、浓缩饲料、配合饲料、精料补充料等饲料产品及营养性饲料添加剂和一般饲料添加剂等饲料添加剂产品。
截至2006年底，共有60家企业产品通过了此认证，共发证155份。
六、绿色食品认证
绿色食品认证是上世纪90年代建立的一套认证制度。绿色食品是指遵循可持续发展原则，按照特定的生产方式生产，经专门机构认定，许可使用绿色食品标志商标的食品。绿色食品认证依据的是农业部绿色食品行业标准。
截至2006年底，我国已发放绿色食品认证证书11346张。
七、绿色市场认证
“三绿工程”是国务院确定的确保食品安全的重要措施之一，其主要内容是“开辟绿色通道，建设绿色市场，倡导绿色消费”。
截至2006年底，已发放绿色市场认证证书75张。认证对象包括：蔬菜批发市场、水果批发市场、肉禽蛋批发市场、水产品批发市场、粮油批发市场、调味品批发市场等专营批发市场和农副产品综合批发市场；食品生鲜超市等专营农副产品的零售市场，以及大型综合超市大卖场、仓储式商场、便利店等兼营农副产品的零售场所。
八、食品质量认证———酒类
为建立我国统一的加工食品质量认证制度，国家认监委会同商务部于2005年9月制定、发布了《食品质量认证实施规则———酒类》，该规则对生产企业质量安全控制要求方面，借鉴了“国际食品安全行动计划（GFSI）”中食品安全认证基准标准要求，对生产企业的GMP、GHP、HACCP提出了不同层次要求，对最终产品质量则按相关国家标准提出了要求，认证结果根据评审和检测结果分为：一级、二级和优级。
